基因检测
基因检测
基因检测的评估
基因检测的评估

  人类基因组计划一直是关注卡马替尼的肿瘤基因检测网在遗传和分子科学知识以及创新技术发展方面取得令人瞩目的进步的催化剂。这导致了越来越多的基因检测的可用性。现在,人们担心没有适当的流程和系统来确保对其进行正确的评估,以致于其结果可能会决定是否应在医疗保健实践中加以实施。传统上,遗传病被认为是根据已知和公认的遗传方式遗传的疾病,其对家庭成员的风险很高。术语基因检测的定义不太明确。它可以通过两种不同的方式进行解释:首先,作为对遗传性疾病的测试,其次,作为对人类DNA或其他基于基因的技术进行分析的测试。出于本文的目的,遗传测试定义为基于使用各种技术分析人类DNA,RNA或染色体的方法,而无论所讨论的疾病是否是遗传性的。
   关注卡马替尼的肿瘤基因检测网还建议有必要将测试与分析区分开来。分析是一种分析或定量样品中物质的方法。例如,血清钠或肌酸磷酸激酶的测定是一种测定,就像遗传序列的原始结果一样。术语“基因检测”应视为描述检测方法的简写:一个特定的遗传变体,对于特定的疾病,在特定人群中,用于特定目的。基因检测的目的对其评估至关重要。由于干预措施的有效性实质上是干预措施实现其目的的程度,因此其有效性与目的必不可少。可以出于多种目的进行基因检测。这些包括诊断,预测,携带者检测,产前检测和筛查。此外,还有药物遗传学测试,可确定是否存在特定的遗传变异,这些变异会影响个体对特定药物的反应。
   基因检测的结果不仅与个人有关,而且还会影响家庭成员。可以根据情况将阳性诊断基因检测用于家庭成员的测试中,以预测发生临床疾病的风险。有时会进行各种类型的诊断测试,而不仅仅是分子遗传学测试,而没有进行充分的评估。基因检测评估方法仍在开发中,但已经取得了相当大的进步。这种评估的主要框架是美国开发的ACCE模型。该框架的名称来自所评估的四个部分:分析有效性,临床有效性,临床效用以及基因检测的伦理,法律和社会影响。英国已经启动由国家卫生局提供的针对遗传性或遗传性疾病的分子遗传学检测的基因检测评估过程。这是基于ACCE计划的英国基因检测网络基因档案评估框架。在加拿大等其他国家,已经在医疗技术评估的背景下考虑了基因检测评估。迄今为止,进行的绝大多数基因检测评估都针对罕见的单基因疾病。
   在评估基因检测时,需要考虑基因和疾病的某些特定特征。这些是外在性,遗传异质性和表达性。渗透率是具有与疾病相关的基因型的某人患上这种疾病的可能性。它包括一个时间成分,通常用一生的pen悔期,例如在80年内患病的风险来描述。患有BRCA1或2基因突变的女性,终生罹患乳腺癌的风险在60%至80%之间。遗传异质性描述了同一疾病可能有许多不同遗传原因的特性。一种特殊的遗传病可能是由多个基因引起的,基因座异质性;或基因中一个以上的变体,等位基因异质性。可表达性描述了具有相同疾病相关基因型的人表现出不同的临床特征和严重程度不同的情况。遗传测试评估的关键第一步是精确定义要测试的确切遗传变异,目标疾病,测试目的以及将要使用的人群或医疗机构。没有这种明确的说明,评估将产生有限的结果。
   遗传测试的分析有效性指的是测定,并定义了其准确,可靠地测量目标基因型的能力。评估的这一部分涉及评估实验室而不是诊所的测试性能。需要明确指定感兴趣的基因型,因为分析有效性的评估既针对方法又针对突变。分析有效性的关键量化指标是分析灵敏度和特异性。使用基于DNA的技术,可以实现接近100%的分析灵敏度和特异性。质量保证旨在确保测试结果可靠且可重复,并且通常在质量管理框架内包括内部和外部控制评估。欧盟最近对基因检测服务的质量保证进行的一项调查显示,实验室对外部质量评估计划的参与是零散的和不完整的。许多实验室没有任何认证。这些结果表明,不能保证目前由欧盟分子实验室提供的大部分基因检测的分析有效性。
   临床有效性定义基因检测检测或预测表型或临床疾病的存在或不存在的能力。遗传关联和其他科学研究可能证明某些遗传变异与疾病之间有明确的关联,但其本身不足以证明临床有效性。还需要对检测的敏感性和特异性以及其阳性和阴性预测值进行正式评估。还需要准确描述被测突变。在许多情况下,所有主要的致病突变都将是未知的,即使测试了所有已知的突变,也必然会降低检测的敏感性,从而降低测试的临床有效性。特定疾病的关键致病突变在不同人群之间也可能有所不同。例如,对美国医学院遗传学委员会针对囊性纤维化的25个突变进行的临床敏感性研究估计,该小组的临床敏感性对非西班牙裔高加索人为71.9%,对非裔美国人为41.6%,对于非西班牙裔白种人为23.4%。该测试的临床敏感性受到选择包含在测试组中的突变的限制。它强调了确定人群中特定遗传变异的频率知识的重要性。
   任何正式的测试评估中都应包含控件。只有通过使用这种控制,才能对特异性进行准确的评估。不使用控件将严重破坏获得的绩效指标。具有近乎完美的分析性能的基因检测在临床情况下仍可能产生假阳性和假阴性。人们认为,常见的复杂疾病的发病机制涉及许多低外显率遗传变异体与各种环境因素之间的相互作用。除了该疾病的一个小的高渗透性单基因子集,例如兽类癌症中的BRCA1或2,单独的基因变异将具有较低的预测价值。关于这些变异的测试,即使使用诸如微阵列的技术进行组合,是否在临床情况下是否仍然有用,存在着很大的争议。目前对复杂疾病发展中涉及的基因-基因和基因-环境相互作用的有限理解仍然是发展针对这些疾病的有效易感性或药敏试验的障碍。
   临床效用是指测试将导致改善结果的可能性。这是评估的决定性阶段,取决于但不限于其他组件提供的信息。测试的临床效用应参考综合护理方案进行评估,而不应作为单独的调查进行评估,并且应主要针对测试的目的。重要的是要区分基因检测是替代已经使用的测试,是当前诊断方法的附加测试还是全新的测试。如果基因检测替代了另一种测试,则临床实用性评估必须包括比较新测试和已经使用的测试的成本效益。效用的评估将始终严格依赖于观点。这就是为什么精确定义目的很重要的原因。临床医生,医疗保健管理组织和医疗保健专员将重点关注可衡量的健康结果的证据,例如,生存率提高,并发症减少,并将这些作为测试的目的。相比之下,患者及其家人可能对目的有不同的解释。他们将给测试结果带来的好处将取决于一系列的社会和文化因素,并且在许多情况下,即使无法进行有效的干预,也将基于他们希望做出诊断的意愿。
   这些知识本身是否会改善健康行为或结果尚不确定。基因检测的采用也将受到个人对风险的感知的影响。这些考虑说明提供有关测试及其解释的详细信息的重要性,在某些情况下还提供正式的遗传咨询。评估的这一部分可能是最难解决的,因为它涉及面很广。现在已经达成共识,这些问题,最好包括在临床效用评估中,包括测试结果对保险和就业,隐私和保密性,使用权的公平性以及污名化的影响。评估ELSi进行新的特定检测非常困难,到目前为止,大多数工作都集中在制定通用原则或侧重于在筛查程序中使用基因检测。关于ELSi主题的详细讨论不在本文讨论范围之内。可以针对特定人群和特定目的确定测试特征的要求,可以推广到所有类型的生物标记物和分子诊断方法,进行测试的环境至关重要。一项测试可能在一种临床情况下非常有效和有用,而在另一种情况下表现不佳,这尤其是因为该测试的预测价值将取决于该疾病在测试人群中的患病率。
   在确保进行适当评估的努力中,基因检测的发展和提供的动力并没有达到同样的程度。在商业领域中正在开发许多测试,这些测试仅具有遗传变异体与靶标疾病之间关系的初步证据,而对其临床有效性或实用性的正式评价却很少。这就提出了关于其作为临床测试的有效性的严重问题。在遗传性或遗传性疾病的情况下,提供测试结果时未充分解释信息,咨询或提供后续服务和治疗的服务,可能会对使用者及其家人造成严重的负面影响。在复杂条件下对低渗透性基因型进行的测试需要更严格的解释,因为它们的预测值实际上可能远低于测试提供者所声称的值。适当的测试评估失败的另一个后果是机会成本,这是由于有限的医疗保健资源从提供临床有效干预措施到低临床效用的基因检测的不当转移而导致的。
   商业团体正在直接向临床医生和公众推销基因检测。这不仅限于个别国家;互联网为在全球范围内进行广告宣传和访问测试提供有效的渠道。直接面向消费者的广告的这种发展可能会进一步增加基因检测的使用,尤其是在美国。美国政府问责局最近进行的一项调查引起人们对直接提供给消费者的某些基因检测服务的有效性的严重关注。也有证据表明,医护人员认为他们需要更多的遗传学培训。评估大型人群中使用的基因检测与非常小,定义明确的群体中使用的基因检测的要求是非常不同的。对基因检测进行全面,正式的评估将是耗时且昂贵的,并且有很多建议表明,在许多情况下,尤其是在处理极少见的高渗透性单基因疾病的测试时,可以使用不太正式的过程。关注卡马替尼的肿瘤基因检测网建议,首要任务应该是制定标准,以确定哪些测试应进行全面评估,哪些测试应进行较不全面的评估。在英国,UKGTN已开发用于评估单基因疾病的基因检测的基础设施和流程,以告知NHS调试决定。
   随着网络获得执行此类评估的更多经验,该过程仍在不断发展。但是,关注卡马替尼的肿瘤基因检测网认为,英国缺乏平台来收集对基因检测和其他生物标记物进行正确评估所需的数据,其分析和评估过程以及用于确定适当性的系统根据评估结果对此类测试的临床应用进行评估。实施基因检测评估的系统和基础设施非常重要。尽管为罕见的遗传疾病提供基因检测至关重要,但是对常见的复杂疾病使用新的分子诊断方法可能会及时对人口健康产生更大的影响。与这些常见疾病的测试解释和所涉及技术相关的复杂性,将远远超过用于诊断高外显率单基因疾病的基因检测。在进行这种复杂的评估之前,需要解决当前在方法,信息需求,政策和系统方面的差距。

 
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